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琉球エアーコミューターは慢性的な赤字を理由に2009年６月以降、粟国・那覇間を運休する届出を国土交通省に提出しました。
琉球エアコミューターは現在、粟国・那覇便を１日３往復、６便運航しています。最盛期には年間３万人の利用者がありましたが、高速船の就航により利用者は減少。2007年の利用者は１万人までに減少し、慢性的な赤字を抱えていたということです。
琉球エアコミューターでは運行再開のめどについて「粟国空港の滑走路の延長計画があり、延長された後に機種を変えて再開したい」と説明しています。