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６月３日、那覇空港で自衛隊のヘリと民間航空機２機がからむ重大事故の可能性もあったトラブルで、５日に中谷防衛大臣が自衛隊のパイロットが管制官の指示を誤認したことが原因だと明言しました。
中谷防衛大臣は会見で「離陸待機中の全日空機に対する管制官からの離陸許可を自機に対する離陸許可と誤認識して離陸してしまったために発生したもの」と述べ、今回のトラブルの原因が、全日空機の離陸直前に滑走路を横切った自衛隊ヘリのパイロットが管制官から別の航空機へ出した離陸許可を、自らの許可と勘違いしていたのが原因だったと明言しました。
再発防止について、中谷防衛大臣は「管制指示の厳守や基本手順の徹底を図るよう全部隊に指示した」と説明しています。