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防衛省の評価書の補正は2012年２月知事から出された61項目579件の知事意見を元に実施したものです。
このうちウミガメについては「埋め立てにより、浜が消失する代償として辺野古弾薬庫の砂浜にウミガメの産卵や上陸に適した環境を整備する」と書いています。
また国の天然記念物のジュゴンについて100年後の絶滅の確率は事業を実施する前と後ではリスクは１パーセント程度の差だとしサンゴについては代替施設の護岸表面に凹凸の物を置くなどしてサンゴ類が着生しやすくするとしています。
さらにオスプレイなどについてはアメリカ軍からデータを得てエンジンテストやホバリング、モード別の騒音データを検証したところ辺野古漁協でうるささ指数が環境基準値を超える71・３となっていますが、防衛省はここに住宅は無く住民生活に影響はないと説明しています。