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名護市議会は2012年１月13日、臨時本会議を開き、環境影響評価書の公開を求める意見書は賛成多数で可決されましたが、抗議決議については文言をめぐり与野党で紛糾しています。
冒頭、与党の神山正樹議員は「評価書を早急に県民に公開するとともに、審議会における慎重な審査を求めるとともに同飛行場の県外、国外への移設を望み、埋立てを認めぬ県民の意見を広く取り入れ、知事意見に反映させることを求める」と意見書を読み上げました。
また神山議員は、「報道で騒音による生活環境悪化が顕著になる、環境影響評価書の内容が明らかにされた」と述べ、評価書の公開などを求めました。
しかし基地移設を容認する議員から、「報道だけを鵜呑みにして意見書を出すのは問題がある」と反対の声が上がり、審議は一時、紛糾しました。
その後、採決が行われ、意見書は賛成多数で可決されましたが、抗議決議については、現在も審議が紛糾しています。