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2010年12月、アメリカ軍が沖縄本島近海の訓練水域の外側で訓練していた問題で、仲井真知事は7日、アメリカ軍を強く非難しました。
1月7日、県庁で行われた定例記者会見で仲井真知事は「当然水域内でやってもらいたい。むろん、周辺には民間の船や漁業者もいるわけですから、そういうものに不安や影響を与えないというのは当然のこと」と述べ、アメリカ軍が訓練水域の外側で訓練し、しかも県や漁業関係者らに事前の通告もなかったことを強く非難しました。
また仲井真知事は、アメリカ海軍が1月中にも訓練水域の外で訓練すると通告してきた問題について「通告のタイミングが遅いうえ、情報が十分でない」とアメリカ軍の対応に不快感を示しました。