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辺野古での事前調査に国が自衛隊を投入したことに対し、仲井真知事が強い口調で不快感を表しました。21日午前に開かれた衆議院沖縄北方特別委員会との意見交換会で、共産党の赤嶺政賢委員が海上自衛隊が投入されたことに対する知事の見解を質したのに対し、仲井真知事は、「自衛隊が出てくるというのは如何なものかというのは、（既に）コメントで申し上げている。そういう事態ではないんじゃないかと。特殊任務を持つ自衛隊の船が出動するような状況にあるとは考えられない」と委員に強い口調で答え、自衛隊を出した国の行為に不快感を示しました。
これを受けて、委員会の安住淳委員長は帰任前の会見で「海自投入は防衛施設庁長官の意向で海自側に要請したことが分かった」と述べ、委員長としても極めて遺憾だと表明しました。
一方、自衛隊の投入に、野党系の国会議員や市民団体のメンバーらが21日午後、那覇防衛施設局を訪れ抗議しました。メンバーらは海上自衛隊の投入について県民に謝罪し、二度と自衛隊を投入しないよう要請。これに対し佐藤局長は海上自衛隊の介入は官庁間協力の範囲内で当然のことだと述べ、要請を退けました。
市民団体の一人が「あなたは政府の目的のために軍艦を沖縄に差し向けたことを正しいというんだね」と詰め寄ったのに対し、佐藤局長が「これ（自衛隊の投入）は沖縄の抑止力の維持と沖縄県の負担軽減になると、立場は違うがそう信じている」と答えるなど、要請の場は終始、緊迫した空気に包まれました。また佐藤局長は、21日以降の調査の日程や方法についても『回答を差し控えたい』と明らかにしませんでした。