Episode 1 別れと再会 / Hello
グラスマンに代わり、新院長に就任したアンドリュースからコミュニケーション能力について指摘を受けたショーン。ジャレッドと担当する移動診療所で、ホームレスの患者たちと積極的に交流するよう試みる。一方、クレアや他のレジデントたちも、それぞれに与えられた課題に取り組みながら、切磋琢磨する。
Episode 2 嘘の練習 / Middle Ground
ある日、ショーンは清掃員ポールに膵臓ガンの症状が表れていることに気づく。メレンデスから彼を不安にさせないように、真実を伏せて検査を促すよう指示されたショーンは、困惑するポールにうまくウソをつこうとするが…。自分の手術の執刀医選びに苦悩するグラスマンは、ブレイズから48時間以内に手術を行うか、他の主治医を探すかだと告げられてしまう。
Episode 3 36時間 / 36 Hours
外科医としての実力をいつでも発揮できるよう訓練するため、アンドリュースは36時間シフトを導入。グラスマンの手術が成功して大喜びしていたのもつかの間、ショーンはモーガンと人手不足のERを手伝うことになり、例外だらけの救急患者たちの処置に手こずってしまう。一方、クレアは母になるのが夢だと語るジーナの手術中、ある大きな決断を迫られる。
Episode 4 愛するがゆえに… / Tough Titmouse
ICUで目覚めたグラスマンは、亡くなった娘マディの幻を見るようになる。そして、彼女と自殺の原因について対話する中で、精神的に追い詰められていく。一方、脆弱X症候群のマックを診ていたメレンデスとアレックスは、母親ニコールの疲れ切った様子に懸念を抱く。ショーンはマックと接していくうち、少年時代に世話になった里親ビルの言葉を思い出す。
Episode 5 ロバの歩かせ方 / Carrots
栄養障害による意識消失発作で搬送されたルイーザは、長年の拒食症によって僧帽弁に異常が生じていた。手術前に栄養状態の改善に努めるが、彼女の体がそれを受け付けようとしない。手術に踏み切ろうとするメレンデスに、クレアはリスクの高い脳深部刺激を提案する。一方、ショーンは病室にこもるグラスマンを心配し、マフィンを餌に彼を歩かせようとするが…。
Episode 6 歩み寄ること / Two-Ply (or Not Two-Ply)
指に炎症のあるバイオリン奏者を診ていたショーンは、人食いバクテリアを疑い、患部を切開して検査すべきだと訴える。しかし、演奏者の将来を考慮したモーガンは、これに断固として反対する。一方、鼻血が止まらずに搬送されてきたライリーは、両親の離婚後から体調不良が続いていた。腫瘍を疑うクレアは、精神的なものだと判断するアレックスと意見が分かれる。
Episode 7 切り札 / Hubert
クレアは卵巣ガンで余命1か月の友人ケイのため、関係が修復できていないメレンデスに腫瘍の減量手術を頼む。ERでは、釘によるケガで搬送されてきたサンティアゴの右の腎臓が破裂。生まれつき左の腎臓がない彼は移植が必要になる。しかし、弟のアルマンディはドナーになる代わりに、ある条件を提示する。一方、リアはショーンと金魚を飼い始めることに。
Episode 8 それぞれの物語 / Stories
事故に遭った夫婦が搬送されてくる。夫トッドは脱臼ですむが、重傷を負った妻ドーンは手術室へ運ばれる。ドーンが子宮外妊娠していたことが発覚し、結婚前に精管結紮をしていたトッドはショックを隠せない。モーガンとアレックスは、手術を控えた少年フィンの診察でポリオを疑う。そこで両親が予防接種に反対していることが分かり、アレックスは説得を試みる。
Episode 9 共感力とは / Empathy
ホルモン抑制剤によって脳梗塞になってしまったジョージ。彼は小児性愛の衝動を抱えており、抑制剤を打たなければまともに生活が送れないと訴える。命を落とす危険があるため、クレアとモーガンは抑制剤の使用に反対するが…。一方、患者の思いを察して治療を提案するアレックスに対し、自閉症で人の気持ちを理解するのが困難なショーンは、共感力について考えをめぐらせる。
Episode 10 クリスマスの夜に Part1 / Quarantine
クリスマス休暇で人手不足の中、空港から2人の患者がERに搬送される。どちらも同じ便の搭乗客で、比較的席が近かったことから、ウイルスの空気感染が疑われる。ショーンは、リムやモーガンとERに隔離されるが、患者たちはパニックに陥ってしまう。そんな中、白血病で骨髄移植を待つクリスの父親でドナーのボブが、隔離された人々の中にいることが判明する。
Episode 11 クリスマスの夜に Part2 / Quarantine Part Two
蛍光灯のノイズや叫び声に耐え切れず、フリーズしてしまったショーン。しかし、医療に集中することで自分を取り戻し、ピートの開腹手術に復帰する。一方、目の前で発作に苦しむ息子ケランを放っておけないアレックスは、ERに押し入ってしまう。メレンデスが隔離区域を拡大させ、前代未聞の骨髄移植手術を行おうとする中、リムは危険な状態になってしまい…。
Episode 12 命の洗濯 / Aftermath
無事に隔離が解除され、レジデントたちはそれぞれの休日を過ごす。術後のグラスマンとリアとランチをしていたショーンは、リアの提案でレーシングカートを運転することに。一方、公衆衛生局の調査に対応していたアンドリュースは、倫理違反を犯したリムとメレンデス、緊急時に固まってしまったショーンの様子が問題となり、彼らの医師免許停止を勧告すると告げられる。
Episode 13 2人の関係 / Xin
中国で人工心臓を移植した中国人女性サニーが搬送される。現地の医師と相談したメレンデスは、飛行機で彼女を移送しようとするが…。一方、言葉を覚えるのが大好きな自閉症のラナが、脳動静脈奇形で入院してくる。しかし、手術中に脳動静脈奇形が言語中枢に近すぎることが分かり摘出は困難に。そこで、ショーンはラナを覚醒させた状態での手術を提案する。
Episode 14 ぬぐえぬ思い / Faces
悲惨な事故で顔が変形してしまった少女モリー。彼女が目の位置を元に戻す手術を控えていたある日、交通事故で重傷を負った少女カリンが搬送されてくる。カリンは手術中に脳死状態となるが、アンドリュースは彼女の母にある相談を持ちかける。一方、休暇を取ってグラスマンと過ごしていたショーンは、ひょんなことからグラスマンがかつて好きだった女性を捜すことに。
Episode 15 決断と代償 / Risk and Reward
聖ボナベントゥラ病院の新外科部長にハンが就任する。手術では音楽を流し、メレンデスには健診業務をさせるなど、型破りなスタイルで周囲を困惑させる。一方、帝王切開で出産したダイアンの赤ん坊は、腸が異常突出しており、心臓の中隔も穴だらけだった。ダイアンから妊娠初期に服用していた抗うつ剤が原因かと質問をされたショーンは、研究報告にある事実を伝える。
Episode 16 信じる心 / Believe
患者と接することなく才能を発揮できるよう、ハンに病理科への異動を言い渡されたショーン。カーリーに温かく迎えられるも、外科医になる夢を諦められずに苦悩する。そして、ショーンは悪性髄膜腫と診断されたセイディの検査に矛盾を感じ、直接彼女と話したいと訴える。一方、クレアやリムも、ショーンを外科に復帰させるようハンに説得を試みるが…。
Episode 17 夢の終わり / Breakdown
神経線維腫を患うケニー。彼の腹部を取り巻く巨大な腫瘍は、90キロにも及んでいた。手術は困難と考えられたが、クレアがある方法を思いつく。しかし、手術中に容体が急変し、メレンデスはショーンの助けを借りようと、ハンの反対を押し切って彼をオペ室に呼び出す。一方、リムは友人ローラの赤ん坊の硬膜下血腫を除去するが、血腫の原因は虐待の可能性があった。